Aile Hükümeti filminde Salih, elaldı köyüne atanan bir öğretmendir. Köy yaşamına alışmak zorunda kalır. Köye atandıktan sonra güzel mi güzel bir kız olan Zeynep’e gönlü kayar. Köy de çok fazla akraba evliliklerinin olduğuna şahit olur. Çok fazla akraba evliliği yapıldığından Zeynep’in de bu gibi bir duruma sürükleneceğini düşünerek endişelenir. Bu yüzden akraba evliliklerine son getirmesi gerektiğini düşünür.
İlk iş olarak öğretmen Salih hemen Aile Bakanlığı’na dilekçece yazacaktır. Dilekçenin Aile Bakanlığı’na ulaşmasından sonra bakanlık köye gelir ve düzen oluşturmaya çalışır. Yeni bir projeyi getiren bakanlık, evlenmeyen herkes nikah masasına oturacak ve akrabasıyla evlenmeyenler oturdukları evlerin tapusunu alma hakkına sahip olacaktır. Liste belirlenip proje gerçekleşirken, insanlar sevdiklerinden ayrılarak farklı bir işe kalkışıyor olması işleri daha karışık hale getirecektir.
Aile Hükümeti filminde Salih öğretmen, akraba evliliklerine çözüm getirirken, köy halkının da bu çözüm sonrasında trajikomik durumlarına yer verilir.